発祥はペルシャ、現在のイラン地方のセタールという、リュート属の楽器が原型といわれています。セタールとはペルシャ語で「三弦」という意味です

ペルシャからシルクロードを東へ、当時の明、現在の中国まで渡り三弦（さんしぇん）となったものが14世紀後半、当時交易関係があった琉球王国へ伝えられました
琉球では三弦（さんしぇん）から三線（さんしん）へ、または蛇の皮を貼ったところから蛇味線（じゃみせん）と呼ばれることもあります

16世紀半ば、琉球から大阪の堺へ三線が渡り、様々な試行錯誤の後、本土はあまり取れない蛇皮に変わり犬や猫の皮を使い、全体の形も大きくなり琵琶の演奏方法の様にイチョウ型の撥を用いて弾く様になりました